1956年，国务院决定，各项行政编制从1957年起实行分级统一管理，各级行政机构的机构编制调整方案应分级统一进行规划。此后，编制管理体制从“集中统一”变为“统一领导、分级负责”的体制，基本上采取条块结合、以块为主的方式，实行中央和省（区、市）两级管理的体制，中央和省（区、市）均设置编制管理机构，具体情况如下：

1956年3月，国务院常务会议决定，中央、省（市）、县三级设立编制委员会。国务院编制委员会的办事机构依靠国务院人事局；地方也应该依靠当地人事部门进行日常工作。编制委员会的主要任务是：掌管行政编制；划分事业编制、企业编制、行政编制彼此之间的界限；对事业经费的编制问题，只是过问，发现问题提出意见。纯企业的编制主要是经济核算问题，因此由经济委员会和劳动部负责。

1956年9月，国务院常务会议决定，把国务院编制工资委员会改为国务院编制委员会，由国务院秘书长习仲勋领导，国务院副秘书长张策专管编制工作。编制委员会办公室与国务院人事局分开，迁至中南海北区办公。办公室日常工作由金树望、黄仁、胡明、白光涛负责，下设秘书组、农林文教组、工交组、政法财贸组、地方组（一度分设城市组），实有干部50多人。

1956年11月，国务院决定将各省、自治区、直辖市人民委员会工作部门的设立、增减或者合并的工作，由内务部移交国务院编制委员会统一管理。

1958年12月，国务院编制委员会和国务院人事局合署办公。办公室的日常工作由金树望、白光涛主持，国务院副秘书长曾一凡分管编制的工作。办公室下设中央组和地方组，实有干部20人左右。

1960年6月，中央成立中央国家机关精简小组，由国务院副总理兼秘书长习仲勋任组长，国务院编制委员会办公室作为其办事机构。

1962年2月，国务院编制委员会办公室拟订了各级国家机关的机构和人员的精简方案，经党中央、国务院批准下达执行。中共中央在这个文件的批示中指出：为了加强编制的管理，各省、市、自治区必须建立、健全编制委员会，加强领导，建立严格的审批制度。根据过去的经验，各级编制委员会不仅要管好行政编制，也要把事业编制管起来，以便统一管理、严格控制。今后各级国家机关及其所属事业单位增设机构、增加编制，必须经过编制委员会审核，专报党委和政府批准。同时中央决定成立国家机关编制小组，负责调查研究有关全国行政编制方面的问题，随时向中央反映情况，提出意见，处理这方面的日常事务。

1963年5月，二届全国人大常委会第97次会议批准周恩来总理提出的设立国家编制委员会，作为国务院直属机构的方案，列入国务院常设机构序列。周总理在议案提出，为了加强对全国编制工作的领导，决定将国务院编制委员会改称国家编制委员会，由国务院秘书长周荣鑫任主任，具体负责机构编制管理工作。下设办公室、中央处、地方处、事业处，编制45人。